原因：企业在发放生育津贴过程中，可能存在以下问题：

标题：生育津贴发放后，企业被查怎么办？

一、生育津贴发放依据

根据《中华人民共和国社会保险法》和《女职工劳动保护特别规定》，女职工在产假期间，可以享受生育津贴。生育津贴的发放标准通常为女职工生育前12个月平均工资的一定比例。

二、企业被查原因及处理

1. 原因：企业在发放生育津贴过程中，可能存在以下问题：

（1）未按规定缴纳生育保险费；

（2）未按规定计算生育津贴；

（3）未按规定申报生育津贴；

（4）未按规定支付生育津贴。

2. 处理方法：

（1）核实问题：企业应积极配合相关部门的调查，核实是否存在上述问题。

（2）补缴保险费：如企业未按规定缴纳生育保险费，应立即补缴。

（3）调整生育津贴：如企业未按规定计算生育津贴，应调整并补发。

（4）申报生育津贴：如企业未按规定申报生育津贴，应立即申报。

（5）支付生育津贴：如企业未按规定支付生育津贴，应立即支付。

三、注意事项

1. 企业在发放生育津贴过程中，应严格按照相关政策规定执行，确保女职工的合法权益。

2. 企业应建立健全内部管理制度，加强对生育津贴发放的审核和管理。

3. 企业应关注相关政策法规的更新，及时调整生育津贴发放标准。

四、总结

生育津贴是企业应依法支付给女职工的福利待遇，企业在发放过程中应严格遵守相关法律法规。如企业被查，应及时采取措施进行处理，确保女职工的合法权益。同时，企业应加强内部管理，避免类似问题的再次发生。